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Foldit

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Foldit是一個實驗性的蛋白質摺疊電子遊戲,結合了眾包分散式計算的思想。由華盛頓大學電腦科學和工程學系和生物化學學系(同一批人中,很多人也參與建立Rosetta@home)聯合共同開發。

Foldit提供一系列教程,讓用戶試着操縱簡單的類蛋白質構造,並定期更新以真實蛋白質結構為基礎的謎題。該程式讓用戶在工具輔助解謎,就能夠得出實際的蛋白質模型。每當結構被變動,一個「分數」會根據摺疊的完善程度給出。Foldit用戶可以創立加入小組,分享各自的方案。也有小組高分榜。

生物製造主要蛋白質結構的方式(蛋白質生物合成)在原理上已經為人類所理解,此即蛋白質DNA測序的方法。而解明肽鏈是如何摺疊成三維的蛋白質結構更為困難;雖然大致的程式已經為人所知,但蛋白質結構預測還是需要大量的運算。

Foldit嘗試利用人腦天生的三維圖形匹配能力。目前該程式出的謎題都是基於已被人們清楚瞭解的蛋白質;透過分析人類在解這些謎題時的直覺思考途徑,研究者希望能改進現有蛋白質摺疊軟件所用的演算法

2010年科學雜誌《自然》雜誌上的一篇論文稱,Foldit的57,000名參與者提供了有用的結果,這些結果與演算法計算的解決方案相匹配或表現優異[1][2]

成就[編輯 | 編輯原始碼]

  • 2010年科學期刊《自然》雜誌上的一篇論文為Foldit的57,000名參與者提供了有用的結果,這些結果與演算法計算的解決方案相匹配或表現優異[1]
  • 2011年,Foldit玩家幫助解讀了Mason-Pfizer猴病毒(M-PMV)逆轉錄病毒蛋白酶的晶體結構。科學家們一直研究愛滋病的逆轉錄酶的晶體結構,這是一個已有十五年之久未解決的科學問題,這種蛋白質酶是愛滋病毒在活體細胞中複製和繁殖自己的重要關鍵,但在遊戲中逆轉錄酶的結構在十天內被玩家們破解[3][4]

參閱[編輯 | 編輯原始碼]

參考[編輯 | 編輯原始碼]

  1. 1.0 1.1 John Markoff. In a Video Game, Tackling the Complexities of Protein Folding. The New York Times. 10 August 2010 [12 February 2013]. 
  2. https://www.nature.com/articles/nature09304
  3. Khatib, F.; Dimaio, F.; Cooper, S.; Kazmierczyk, M.; Gilski, M.; Krzywda, S.; Zabranska, H.; Pichova, I.; Thompson, J. Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players. Nature Structural & Molecular Biology. 2011, 18 (10): 1175. doi:10.1038/nsmb.2119. 
  4. Praetorius, Dean. Gamers Decode AIDS Protein That Stumped Researchers For 15 Years In Just 3 Weeks. The Huffington Post. 2011-09-19 [17 November 2016]. 

外部連結[編輯 | 編輯原始碼]