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Foldit

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Foldit是一个实验性的蛋白质折叠电子游戏,结合了众包分布式计算的思想。由华盛顿大学电脑科学和工程学系和生物化学学系(同一批人中,很多人也参与创建Rosetta@home)联合共同开发。

Foldit提供一系列教程,让用户试着操纵简单的类蛋白质构造,并定期更新以真实蛋白质结构为基础的谜题。该程序让用户在工具辅助解谜,就能够得出实际的蛋白质模型。每当结构被变动,一个“分数”会根据折叠的完善程度给出。Foldit用户可以创立加入小组,分享各自的方案。也有小组高分榜。

生物制造主要蛋白质结构的方式(蛋白质生物合成)在原理上已经为人类所理解,此即蛋白质DNA测序的方法。而解明肽链是如何折叠成三维的蛋白质结构更为困难;虽然大致的程序已经为人所知,但蛋白质结构预测还是需要大量的运算。

Foldit尝试利用人脑天生的三维图形匹配能力。目前该程序出的谜题都是基于已被人们清楚了解的蛋白质;透过分析人类在解这些谜题时的直觉思考途径,研究者希望能改进现有蛋白质折叠软件所用的算法

2010年科学杂志《自然》杂志上的一篇论文称,Foldit的57,000名参与者提供了有用的结果,这些结果与算法计算的解决方案相匹配或表现优异[1][2]

成就[编辑 | 编辑源代码]

  • 2010年科学期刊《自然》杂志上的一篇论文为Foldit的57,000名参与者提供了有用的结果,这些结果与算法计算的解决方案相匹配或表现优异[1]
  • 2011年,Foldit玩家帮助解读了Mason-Pfizer猴病毒(M-PMV)逆转录病毒蛋白酶的晶体结构。科学家们一直研究艾滋病的逆转录酶的晶体结构,这是一个已有十五年之久未解决的科学问题,这种蛋白质酶是艾滋病毒在活体细胞中复制和繁殖自己的重要关键,但在游戏中逆转录酶的结构在十天内被玩家们破解[3][4]

参阅[编辑 | 编辑源代码]

参考[编辑 | 编辑源代码]

  1. 1.0 1.1 John Markoff. In a Video Game, Tackling the Complexities of Protein Folding. The New York Times. 10 August 2010 [12 February 2013]. 
  2. https://www.nature.com/articles/nature09304
  3. Khatib, F.; Dimaio, F.; Cooper, S.; Kazmierczyk, M.; Gilski, M.; Krzywda, S.; Zabranska, H.; Pichova, I.; Thompson, J. Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players. Nature Structural & Molecular Biology. 2011, 18 (10): 1175. doi:10.1038/nsmb.2119. 
  4. Praetorius, Dean. Gamers Decode AIDS Protein That Stumped Researchers For 15 Years In Just 3 Weeks. The Huffington Post. 2011-09-19 [17 November 2016]. 

外部链接[编辑 | 编辑源代码]